Diversité des branches évolutives basales du règne des champignons dans les écosystèmes hydrothermaux marins profonds - Université Rennes 2 Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2012

Diversity of the basal lineages of the fungal kingdom in deep-sea hydrothermal ecosystems

Diversité des branches évolutives basales du règne des champignons dans les écosystèmes hydrothermaux marins profonds

Résumé

Fungi are ubiquitous heterotrophs that play pivotal roles in numerous ecosystems (e.g. decomposers, symbionts) and form one of the major eukaryotic lineages. Among them the Chytridiomycota phylum constitutes the early diverging branches of the fungal kingdom and so can give critical informations for the understanding of the fungal evolutionary radiation. However, this group has been overlooked and consequently the roots of the fungal kingdom remain poorly resolved. Here, we describe the fungal diversity with a special interest in Chytridiomycota, via environmental genomic analyses. Different kinds of samples were collected at deep-sea hydrothermal vents which are generally considered as hotspots of diversity harbouring endemic organisms and also encompassing novel fungal lineages. To process the data collected, we developed an online user-friendly database, called PHYMYCO-DB, containing quality-checked molecular markers dedicated to fungal phylogenetic studies. The molecular experimental tools designed here allowed the description of six phylotypes belonging to Chytridiomycota, four of them producing branches never described before. Also, unexpectedly, the diversity retrieved goes beyond the Opisthokonta clade boundaries (i.e. Animals, Fungi ...) as one phylotype of Apusozoa and two phylotypes of very diverging eukaryotes with undefined positions anterior to the known Unikonta, were obtained. These results offer perspectives for the description of new organisms via genome sequencing or imaging, but also they are promising for the resolution of the complex deep evolutionary relationships in Opisthokonta, Unikonta and Bikonta.
Les champignons sont des organismes hétérotrophes ubiquistes jouant des rôles pivots dans de nombreux écosystèmes (e.g. décomposeurs, symbiontes) et formant une lignée eucaryote majeure. Les Chytridiomycota constituent les branches basales du règne des Champignons, soit une position critique pour la compréhension de la radiation évolutive fongique. Or, ce groupe a été peu étudié, ce qui ne permet qu'une résolution partielle de ces relations évolutives. Ici, nous décrivons la diversité fongique, en ciblant principalement les Chytridiomycota via des analyses de génomique environnementale. Des échantillons de diverses natures ont été collectés au niveau de sources hydrothermales marines profondes qui sont connues pour être des hotspots de diversité, avec un fort taux d'endémisme. Pour l'analyse des séquences moléculaires obtenues, une base de données (PHYMYCO-DB) portant sur des marqueurs moléculaires fiables et dédiés à la phylogénie fongique, a été créée puis mise en ligne. Des outils moléculaires développés au cours de cette thèse ont permis de récupérer six phylotypes Chytridiomycota dont quatre produisent des branches non-décrites à ce jour. De plus, la diversité obtenue n'est pas limitée au clade des Opisthokonta (i.e. principalement les règnes des Animaux et des Champignons) puisqu'il a également été observé un phylotype Apusozoa et deux phylotypes ayant une position indéfinie à la base des Unikonta. Ces résultats offrent des perspectives pour la description de nouveaux organismes via le séquençage de génomes ou l'imagerie. Ces organismes sont également prometteurs pour la résolution des relations évolutives chez les Opisthokonta, les Unikonta, voire les Bikonta.
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Citer

Stéphane Mahé. Diversité des branches évolutives basales du règne des champignons dans les écosystèmes hydrothermaux marins profonds. Biodiversité et Ecologie. Université Rennes 1, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00797898⟩
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